O Ensino Fundamental é dividido em duas fases, Fundamental I (do 1º ao 5º ano) e Fundamental II (do 6º ao 9º ano).

No Fundamental I, o aluno é estimulado ao desenvolvimento do raciocínio lógico e crítico, da criatividade e da sensibilidade estética. O estudante tem a oportunidade de aprender os conteúdos em interação com a realidade, aplicando os conhecimentos no dia a dia, de forma dinâmica e prazerosa. O Colégio intensifica ainda os valores éticos e morais, preparando os alunos também para vida em sociedade.

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No Fundamental II, o aprendizado acontece por meio de aulas expositivas, saídas pedagógicas, aulas práticas em laboratórios e projetos diferenciados, o que permite ao aluno do Colégio Super Ensino o aprendizado dinâmico e a consolidação do hábito de estudo.